系统发生树又称演化树或进化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系 ... 也可用命令行形式： clustalo -i input.fa -o input.align.fa; MEGA ... ... <看更多>
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系统发生树又称演化树或进化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系 ... 也可用命令行形式： clustalo -i input.fa -o input.align.fa; MEGA ... ... <看更多>
#1. 【轉】MEGA構建系統進化樹的步驟(以MEGA7為例) - 程式人生
本文是看中國慕課山東大學生物資訊學課程總結出來的分子進化的研究物件是核酸和蛋白質序列。研究某個基因的進化，是用它的DNA序列，還是翻譯後的 ...
MEGA 是一個關於序列分析以及比較統計的工具包，其中包括有距離建樹法和MP 建樹法；可自動或手動進行序列比對，推斷進化樹，估算分子進化率，進行進化 ...
MEGA （Molecular Evolutionary Genetics Analysis ）是一个功能非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、 ...
#4. MEGA軟體繪製系統發育樹詳解| 分析技能 - 人人焦點
在樹中，每個節點代表其各分支的最近的共同祖先，而各個節點間的線段長度對應演化距離。 系統進化樹常用工具主要有以下幾類：1. MEGA：Masatoshi Nei ...
長期的物種發展過程中，會由於基因和環境的影響導致自身發生進化或者退化，當然不管進化還是退化，都算作物種的演化，但是我們在平時說的時候喜歡說“進化 ...
昨天我們講解了進化樹構建的數據下載以及利用mega進行數據的比對：進化樹構建的基本過程（上）。今天我們就來講解一下如何利用利用mega構建簡單的進化 ...
一、序列文本的准备. 构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行编辑基因 ...
系統發生樹（英語：phylogenetic tree）又稱為種系發生樹、親緣關係樹，或演化樹（英語：evolutionary tree），是一種呈現不同物種或是同物種不同族群的個體之間親緣 ...
#9. 進化樹（phylogenetic trees）裡面每一個分支的長度代表什麼？
如果說橫向是代表演化時間，我看描述分化. ... 軸上靠左還是靠右完全說明不了問題，你隨便用Mega調整一下就可以得到一個完全水平上對齊的進化樹了。
#10. 簡介序列比對的工具
序列親緣性Phylogeny; 建構親緣樹的方法; MEGA- Molecular Evolutionary ... data : 每個配對距離是所有分支的總合，因此NJ樹可視為最小演化樹minimum evolution tree.
#11. 製作演化樹的簡單做法 | 親緣關係樹軟體 - 旅遊日本住宿評價
本站住宿推薦20%OFF 住宿折扣 · POWER (PhylOgenetic Web Repeater)：圖像化親緣演化分析... · 【轉】MEGA構建系統進化樹的步驟(以MEGA7為例) | 親緣關係樹軟體 · 貳、研究 ...
#12. MEGA在分子进化树方面的应用 - 知乎专栏
MEGA 软件作为一种用于分析物种鉴定、亲缘关系、分子功能等的工具，已经越来越成为生物学研究的常用软件。考虑到MEGA的面向人群大多是本科毕设的学生以及少部分研究生， ...
#13. 用MEGA构建NJ树（Neighbor-Joining） - 简书
#14. 系统进化树软件—MEGA介绍-微信文章 - 仪器谱
系统进化树（Phylogenetic tree）又称为演化树，是表明被认为具有共同祖先的各种物种间演化关系的树。是一种亲缘关系分支类方法。在树中，每个节点 ...
#15. 系统进化树的构建方法与软件应用
系统进化树又称为演化树，是表明被认为具有共同祖先的各物. 种间演化关系的树. ... MEGA. 美国宾夕法尼亚州立大学MasatoshiNei. 开发的分子进化遗传学软件，图形化，.
#16. 转载]手把手教学系统进化树构建-蒋金和的博文 - 科学
系统进化树(phylogenetic tree)具有共同祖先的各物种/类群相互间演化关系的树，又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、系统树等。
#17. MEGA(分子进化遗传分析软件) v7.0.26官方版
MEGA 7是来自国外的一款操作便捷，功能强大的分子进化遗传分析软件，全称：Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款专业的进化树软件， ...
#18. 演化樹軟體
物種的演化樹必備的材料當然是有興趣的物種的核酸或蛋白質序列了！ ... 最後我們將我們所設計的演算法實作成程式，與PHYLIP 和MEGA 兩個演化樹建構軟體作比較，執行後 ...
#19. 貳、研究材料及方法
(version 3.51)軟體(Rozas and Rozas 2000)以及MEGA(version 4.0)軟 ... 其原理是找出一個樹形，只需要最少次數的演化步驟(如核甘酸. 的置換、取代或插入等等)就能解釋 ...
#20. 國 立 交 通 大 學 - 國立交通大學機構典藏
(2003)與其他方法所建構的演化樹，可以達到最小的misclassification ... can be obtained after aligning the gene sequences by MEGA 4.1 software (Kumar et al.
#21. mega 6 构建系统发育树 - 百度文库
（用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。） 系统发生树 系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree）。以树的 ...
#22. mega构建进化树如何选择模型- 组学大讲堂问答社区
由于DNA 序列的进化、演化比较复杂，因此许多学者提出了不同的核苷酸替代模型。当今常用的核苷酸替代模型有JC69 、K80 、F81、TN93，HKY和GTR 模型等 ...
#23. 手把手教學系統進化樹構建 - 贊遊戲
系統進化樹（phylogenetic tree）. 具有共同祖先的各物種/類群相互間演化關係的樹，又被譯作系統發育樹、系統演化樹、系統發生樹、 ... MEGA，圖形化的軟體，使用方便.
#24. MEGA Software
MEGA is an integrated tool for conducting automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, ...
#25. 選擇最佳演化樹策略及演化樹合併演算法之研究 - 中華大學
化樹。觀察演化樹中物種的相對地位以及位. 置，可以充分的了解它們的演化過程及親疏 ... 常用的10 組演化樹建構工具如下: 1. MEGA. 6. START2. 2. Spectrum 7.
#26. 製作演化樹的簡單做法 - 簡陋筆記專區
物種的演化樹必備的材料當然是有興趣的物種的核酸或蛋白質序列了！ 有了序列過後，強大的工具也是必須的。 ... 新的Alignment打開後，左上角的File才會出現“ ...
#27. 利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树 - SCI666
对于经常构建进化树的朋友来说，MEGA应该是个老朋友了。MEGA从1993年的第一个版本问世一直锤炼到去年刚刚发布的MEGA-X，已经经历了26年， ...
#28. 一文讀懂進化樹_中國生物技術網- 微文庫
系統發育樹（Phylogenetic tree）又稱為系統進化樹，是用一種類似樹狀分支的圖形來概括各物種之 ... 常用的軟體包括MEGA， cluster X，Muscle，phylip等。
#29. 生物巨分子序列親緣性分析系統 - NHRI Communications
生物巨分子的親緣性分析是一個經常使用的演化分類方法，此方法的主要優點是藉由 ... package、 WebPHYLIP、Mega等網路生物資源服務站或單機版軟體。
#30. MEGA建NJ树_素材积累的博客
这个是把原始序列输入MEGA，怎么把距离矩阵导入MEGA，再进行建树，之后 ... 似然树- ML，贝叶斯法建树~ 建树的目的常常有两个：分类推断演化顺序其他- ...
#31. GMBD Bioinformatics Core 分析工具深度報導
圖像化親緣演化分析工具. ... 最後的樹形繪製工作，有時已包含在親緣關係分析程式的最後輸出結果之內，如MEGA；也有些軟體專為樹形繪製設計，可讀取親緣關係分析的輸出 ...
#32. 轉寄 - 博碩士論文行動網
接著依照物種的最佳順序，改良NJ和UPGMA建構演化樹的方法，設計一個新的演算法來建立演化樹的樹型結構。最後我們將我們所設計的演算法實作成程式，與PHYLIP和MEGA兩個 ...
#33. 如何用MEGA 构建进化树？_实验方法 - 丁香通
今天教大家如何用MEGA 构建进化树！一、序列比对常见算法:Muscle、ClustalW1、打开MEGA 软件，这里以7.0 版为例，依次按照箭头方向进行选择2、序列比 ...
#34. 人生处处有选择，进化树分析的软件，你选哪一个？ - 凌恩生物
系统发生树（英文：phylogenetic tree或evolutionary tree）又名分子进化树，被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树，它用来表示系统发生研究的结果，是生物信息学 ...
#35. 构建系统发生树常用方法
MEGA （molecular evolutionary genetics analysis）由美国亚利桑那 ... 系统树：利用结点和分支方式来表示特定类群之间演化（谱系）关系的树形图。
#36. mega软件——系统发育树构建方法mega6构建系统发育树- 电脑
mega 软件——系统发育树构建方法mega6构建系统发育树 ... 序列（DNA，蛋白质等）的变异程度，构建生物的系统发育树，并分析生物物种之间的演化关系。
#37. 總結報告 - 衛生福利部疾病管制署
圖九、尖音家蚊群18S ribosomal 基因片段序列演化樹狀圖……………（46） ... 蟲序列，而後進行多重序列排序,並以此排序結果用MEGA軟體5.2版本.
#38. 常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰
framework, as well as software packages (PHYLIP, MEGA, MrBayes) based on them. ... 系统发育就是指生物谱系的分支演化历史，或. 是指生命自起源后的整个遗传进化 ...
#39. MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例) - 伟煌真知
MEGA 构建系统进化树的步骤(以MEGA7 为例)本文是看中国慕课山东大学生物信息学 ... 有两个: 分类推断演化顺序其他- 如分析基因家族扩张收缩等很多人都会用mega 来建.
#40. 056-一起来爬聚类树2 - Yunze Liu
刘小泽写于18.11.22 今天看看主流软件MEGA的使用，我也是第一次. ... 的演化，但是我们在平时说的时候喜欢说“进化树”、“系统发育树”而不是“演化树”。
#41. 演化樹距離矩陣政院國家科學委員會專題研究計畫 - Aozqkc
電子學位論文服務表5.5 5種方法其一致樹之距離關係72 表5.6 各演化樹建立方法在高演化速率之準確度 ... 標籤： 序列矩陣發生選擇視窗系統mega 計算您可能也會喜歡…
#42. 分子系统发育分析Molecular Phylogenetics - abc - 北京大学
无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。 ... MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件包，其中包括有距离建树方法和MP. 建树方法。
#43. MEGA软件下载安装&序列处理&进化树绘制&Newick格式介绍
MEGA 是一款非常好用且功能强大的系统进化分析及分子鉴定软件，是免费分子进化遗传分析软件。MEGA软件官网：https://www.megasoftware.net/一.
#44. 怎么做系统进化树 - 天狼问答网
使用MEGA来构建系统进化树既有优点也有缺陷，其中最大的优势在于. ... 又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、系统树等。
#45. Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題- 看板Biotech
... 好用的免費軟體MEGA 3.1 只要將要分析的序列先用clustal做好multiple alignment後用MEGA開啟這個aln檔，再轉成mega自己的格式就已經有很多演化樹 ...
#46. 演化樹最大簡約法系統發生樹 - Kalpff
古菌和真核生物。 最大似然法. Hango的生態學術文章中譯網 ，這就是在. MEGA 是一個關於序列分析以及比較統計的工具包，進行進化假設測驗，即使測序質量稍差（read數偏 ...
#47. 演化樹軟體 - Utmkb
系統發生樹（英語：phylogenetic tree）又稱演化樹或進化樹（evolutionary ... 最後我們將我們所設計的演算法實作成程式，與PHYLIP 和MEGA 兩個演化樹建構軟體作比較， ...
#48. 以概念演化樹探討跨年級學生理想氣體心智模式之發展歷程
研究結果顯示概念演化樹43中有兩個發展階段包含粒子本身的特性及粒子間的交互作用，所呈現的概念演化歷程符合相關氣體粒子文獻的發展研究，且對實徵的跨年級概念調查結果也 ...
#49. 进化树的构建方法mega系统进化树构建过程_上海小吃
进化树的构建方法mega系统进化树构建过程,系统进化树又称为演化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树.在树中每个节点代表其各个分支的最近共同祖先， ...
#50. 系统进化树的构建步骤和常用软件-爱代码爱编程
系统进化树的构建步骤和常用软件系统发生树（phylogenetic tree 或evolutionary tree）又名分子进化树，被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树，它用来表示系统 ...
#51. 演化樹距離矩陣跟著Nature - Tuguht
簡陋筆記專區: 製作演化樹的簡單做法 ... MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）— 分子演化遺傳分析NJ法構建的樹相對準確，假設少，計算速度快，只得一顆樹。適 ...
#52. 演化樹最大簡約法 - Khushra
算一顆演化樹指得是決定出手上的樣本的演化先後順序，甚至計算演化過程所累積的變異數量 ... 系統發育樹構建的第一步是進行多序列比對，常用的軟件包括MEGA， cluster ...
#53. 聊聊使用MEGA软件的方法和步骤，构建不同类型的序列进化树 ...
系统进化树可以直观的表示不同物种DNA或蛋白质的分子进化关系,在文献中常常见到,如: 进化树的构建最常用的是MEGA软件。以下就简单的介绍使用MEGA软件 ...
#54. 台灣產8種梭子蟹類粒線體DNA中COI及16S rRNA 之類緣關係 ...
由親緣關係樹狀圖可以發現蟳屬和梭子蟹屬關係較為接近與青蟹屬. 關係較遠。 ... 析，進而建立整個演化樹形圖，從而了解物種間 ... 接著，使用MEGA 3.1 ...
#55. MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例) - 魔法林
很多人都知道“建树”,NJ树,最大似然树- ML,贝叶斯法建树~ 建树的目的常常有两个: 分类推断演化顺序其他- 如分析基因家族扩张收缩等很多人都会用mega 来 ...
#56. mega建系统发育树失败 - 懂点手机
... 而节点间的线段长度对应演化距离(如估计的演化时间) ... 可以使用MEGA,或者Mauve等软件在NCBI上进行blast,选择与你的基因同源性高的序列下载下来 ...
#57. 第七章分子进化与系统发育分析 - 生物信息学
构建系统发育树，进而了解物种之间的生物系统. 发生的关系—— tree of life ... 祖先序列未知：不知道当前的序列从何演化而来 ... （1）打开MEGA软件，界面如下.
#58. 分子進化遺傳學分析 - Wikiwand
分子進化遺傳學分析（英語：Molecular Evolutionary Genetics Analysis，縮寫MEGA）是一個生物信息學軟件[1]，可通過分子演化統計學分析建立系統發生樹， ...
#59. 进化树构建的目的 - qhfx
上图很好的反映了进化树构建的依据:1,随着物种进化的演绎,进化水平越相近的物种他们的序列越接近;2如果是由同一个物种演化过来的,分化出来的不同物种会保留共同祖先的 ...
#60. 系统进化树的构建步骤和常用软件_awk_bioinfo的博客 - 程序员 ...
系统进化树的构建步骤和常用软件系统发生树（phylogenetic tree 或evolutionary tree）又名分子进化树，被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树，它用来表示系统 ...
#61. mega进化树怎么美化mega7绘制进化树如何设置显示进化距离？
mega 的全称是分子进化遗传学分析。Mega可以用于序列比对、进化树的推断、分子进化速度的估计、进化假设的验证等，还可以通过网络（NCBI）进行序列比对 ...
#62. 进化树
系统发生树又称演化树或进化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系 ... 也可用命令行形式： clustalo -i input.fa -o input.align.fa; MEGA ...
#63. 用MEGA构建NJ树（Neighbor-Joining） | 码农家园
MEGA （Molecular Evolutionary Genetics Analysis）— 分子演化遗传分析NJ法构建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得一颗树。适用于进化距离不大， ...
#64. 常用细菌基因组生物信息分析软件- 系统微生物学 - Microbial ...
不仅如此，MEGA是一个可以进行序列和演化树分析，以及图形化显示的综合软件。最新版本是MEGA X（2019年）。 2. 基因检测与基因型判定. 在细菌基因组数据中 ...
#65. mega journal - 國立臺灣大學圖書館參考服務部落格
研究生來電詢問：「想投稿ACS Omega期刊，但網路上查到某些資訊，提醒最好不要投稿Mega journal，很擔心這類期刊和掠奪型期刊是否有關聯，倒底可不 ...
#66. 系统进化树的构建方法与软件应用姓名：张镜悬- ppt download
什么是系统进化树系统进化树又称为演化树，是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系 ... 11 构建系统进化树的所涉及的工具 PHYLIP MEGA R Matlab BioEdit TreeView ...
#67. 公開 - 國立成功大學機構典藏
緣演化樹狀圖,可以看到筷子芥屬植物CPsHSP 的分化,阿拉伯芥、四國筷子芥、 ... MEGA 進行分析阿拉伯芥的HSP21 基因序列的變異,完整的HSP21 基因序列中.
#68. 以核內之內轉錄區間序列探討珊瑚共生藻系群的遺傳變異與演化 ...
由所得到的基因樹狀圖，可加. 以比對所篩選出的共生藻系群所屬類群。 三、親緣網狀圖. 利用MEGA 4.0 (Tamura et al. 2007)軟體. 計算單型(haplotype)間 ...
#69. mega操作过程-多序列比对进化树 - 点石文库
mega 操作过程-多序列比对进化树. ,现代微生物学实验技术,马玉超北京林业大学生物科学与技术学院办公地点：生物楼117；电话：62336016； Email:,实验内容, 染色体步移法 ...
#70. 微生物及免疫學研究所九十八學年度第二學期授課進度表
課程名稱(中文)：分子流行病學及系統演化樹分析 ... 2011/03/25, The practice of MEGA and Phylip program for phylogenetic analysis, 2, 劉信孚.
#71. 构建进化树的三种方法
曾几何时小编也是使用MEGA来一步一步的通过fasta来计算系统进化树的。 ... 进化树的构建方法简介系统进化树又称为演化树，是表明被认为具有共同祖先的 ...
#72. 類鴉片生長因子受體演化分析 - 高苑科技大學教學發展中心
序列進比對，比對後的結果使用Mega (演化分析軟體. [11]) 進行序列之間的演化樹重建與氨基酸置換速率. 評估，而這六種類鴉片生長因子受體的氨基酸序列如.
#73. 目錄
而每1百個世代取樣一演化樹，共選取1萬個演化樹，並且捨棄不用前. 1千個演化樹，各結點 ... 以MEGA. 依Jukes-Cantor model 計算所得南、北兩群於視網膜感光細胞間視黃.
#74. 演化樹最大簡約法 - Yhkt
系統發生樹（英語： phylogenetic tree ）又稱演化樹或进化树（ evolutionary tree ... 對所得的基因序列用mega軟件包進行系統進化分析， nj法和最大簡約法( mp )構建 ...
#75. 系统进化树绘制-学习视频教程 - 腾讯课堂
系统进化树（Phylogenetic tree）是用一种类似树状分支图形来概括各节点之间的进化关系，节点可以是不同物种、同一物种不同样本、不同基因等。可体现物种进化关系和演化 ...
#76. 从DNA序列到分化时间——进化树与分子钟 - Jinlong Zhang
进化树是表示物种间系统发育关系的树状图，枝长的 ... 可用MEGA软件转换成BioEdit可以编辑的格式，再进 ... 这两个种再分别演化成各自的后代。
#77. 以粒線體DNA與形態特徵探討艾氏樹蛙族群親緣地理與演化
標題: 以粒線體DNA與形態特徵探討艾氏樹蛙族群親緣地理與演化 ... Kumar S (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0.
#78. 人生处处有选择，进化树分析的软件，你选哪一个？ - 云生物
系统发生树又名分子进化树，被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树， ... MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是文献中经常用到的软件; ...
#79. Item 310902000/22368 - Kaohsiung Medical University ...
為了瞭解CA24v在分子流行病學和基因在演化上之相關資訊，本研究將(1)建構自1970年至今全世界CA24v分離株之3C和VP1基因分子親緣分析樹，並(2)分析柯沙 ...
#80. 驅動蛋白之間的演化關係
序列之間相同與相異之處。在Mega的分析中重建了這十三. 種驅動蛋白的演化樹,而驅動蛋白演化樹如圖2所示,由圖2. 的演化樹重建結果可以得知「粉色麵包徽菌驅動蛋白和鞭毛.
#81. 【转】MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)_SN的博客
本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？
#82. 生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析 - 51CTO博客
生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析，序列下载与整理 ... 1、打开MEGA，进入序列比对分析 ... 5、导出fasta格式和MEGA格式两种格式.
#83. [問卦] 有沒有MEGA大神的八卦- terievv板- Disp BBS
看板 Gossiping作者 K448 (肥宅是你的謊言o'_'o)標題 有沒有MEGA大神的八卦時間 Fri Nov 13 ... 推or0706555: 我都用MEGA做演化樹56F 11/13 11:41.
#84. 系统进化树简介及构建 - 简书
可体现物种进化关系和演化历程，群体内部样本亲缘关系，基因家族成员分类和进化 ... MEGA ：是最常用的比对建树软件，优点是可视化图形界面，操作方便 ...
#85. 11.2 系统发生树的构建方法+如何对待不同结果的树 - Coursera
Video created by Peking University for the course "生物演化". “系统发生”（Phylogeny）就是指一类生物，或是物种，或是类群的演化历史。
#86. 用MEGA如何画进化树？ - 手机搜狐网
用MEGA如何画进化树？ ... 今天我们来讲讲MEGA的使用，本例使用的MEGA版本是6.0.6，乃们也可以到官网下载最新版来用。 ... 可以通过Data导入数据也可以通过 ...
#87. [無料ダウンロード！ √] Mega演化树 - 最高の画像壁紙日本CM
#88. 樟芝短鏈脫氫醇/還原因每之序列分析與蛋白質結構模擬 - CORE
在親源演化分析結果也發現， ACSDR 雖然與其他真茵 ... 親緣演化分析採用MEGA(mo1ec叫ar evo1- ... 算法重複1000 次進行演算分析，演化樹圓型. 以無根樹(unroot) 型態 ...
#89. 《寶可夢》速度很快奈何輸出不高，無緣核心輸出手的化石翼龍！
... 連三個特性都無法幫助它去擔任核心輸出手，三個特性里起到的作用都不大甚至有些就是打醬油的，這也就不奇怪Mega之後的化石翼龍為什麼特性會改成增加輸出的硬爪了。
#90. MEGA软件绘制系统发育树详解| 分析技能 - 联川生物
MEGA 软件绘制系统发育树详解| 分析技能. 通常我们会有绘制系统发育树的需求，在得到一条或几条感兴趣的序列后，在NCBI上blast得到相关的一些序列，想要拿这些做一张 ...
#91. mega進化樹軟件
MEGA 在分子進化樹方面的應用. 放電的毛衣. 認識你自己. 312 人贊同了該文章. MEGA軟件作為一種用于分析物種鑒定、 親緣關系、 分子功能等的工具，已經越來越成為生物學 ...
#92. 一篇文章带你搞懂进化树 - 科研星球
系统发育分析中，最重要和最常见的内容为构建系统发育树。 ... 下面小编就从VCF开始，告诉大家如何用比较流行的MEGA软件进行进化树的构建，我们只需要 ...
#93. 漂流途中: 司馬家的流浪生涯 - Google 圖書結果
1996年,印尼政府斥資啟動「超級種稻專案」(Mega Rice Project),接下來3年共挖掘 ... 和泥炭沼澤森林一起演化數百萬年的特種生物,如紅毛猩猩、蘇門答臘虎、或長鼻猴.
#94. 2.Conservation Analysis - Bioinformatics Tutorial - Basic
本节中，我们学习用MEGA这个桌面软件对蛋白序列进行多序列比对(MSA, multiple sequence alignment)，再从MSA出发构建系统发生树。
mega 演化樹 在 Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題- 看板Biotech 的推薦與評價
※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之銘言：
: 你好呀 謝謝你的回答^^
: 所以同種顏色是同樣"物種分類"嗎
: 可是不知道同樣分類指的是再哪一個層次相同呢? (ex:界門綱目科屬種..)
沒有一定在那個層次
比如說，在你這次的計算結果中，藍色可能在門的層次
而綠色可能在目的層次……
我之前在推文裡說的「階層不平行」就是這個意思
這個功能似乎受限於GenBank 序列的內的分類階層順序，還蠻無言的
不過其實也蠻好用的，很直覺，只是不合學理罷了
: 似乎不是"同種" 因為我自己做query的結果
: 有不同物種 但顏色仍是相同 不過隸屬於同一目
: 另外想請問 你有提到相似程度可由branch length 來看
: 但在tree上的距離多近代表他們具有一定相似程度
就一般的演化樹來說，你可以看它的scale bar的單位是什麼
就像比例尺一樣，你可以回推你要看的節點間的branch length
然後大概知道這兩個序列間的差異多大
至於多相似才叫做有一定的相似程度
這就要看你的目的是什麼了
對我來說，演化樹提供了一個概觀
若想知道兩條序列間有多相似，我還是會回頭去看alignment
另外，你在做blast的時候，blast的結果不是會告訴你，
你的query和subject間有多相似嗎?
只要留心alignment的長度和位置，這也是一個相當有用的信息
: 或者是說 有沒有一個依據 讓我們知道在tree上怎麼樣的距離
: 代表序列上怎麼樣的相似程度呢
就是scale bar囉，注意其genetic distance的定義即可
你可以去下載一個很好用的免費軟體 MEGA 3.1
只要將要分析的序列先用clustal做好multiple alignment後
用MEGA開啟這個aln檔，再轉成mega自己的格式
就已經有很多演化樹的演算法可以玩了
: 謝謝你
不用客氣
: ※ 引述《mengyichen (死小胖)》之銘言：
: : 我點了Tree view網頁上方Sequence Label旁的問號來看(不用真的點，游標放在上面即可)
: : 有一句話這麼說
: : The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence.
: : 於是我就在下方選單選了「Sequence ID (Blast Name)」
: : 我用的query sequence是2894208(GI number)
: : 是Mycobacterium tuberculosis這種細菌中預測的蛋白質
: : 我發現藍色的節點都一樣是細菌的蛋白質
: : 而綠色的節點則是病毒的蛋白質
: : 所以我猜應該是用來標示序列來源的「物種」分類
: : 不是，相似程度可由branch length 來看
: : 不用客氣，這個功能若不是因為你的問題，否則我也不會注意到
: : 其實每隔一陣子，NCBI都會將它的網頁功能推陳出新
: : 像這個功能我就覺得真的蠻好用的，如果不是要做嚴格的親緣分析的話
: : 可以省掉整理dataset的麻煩
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.59.197
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