系统发生树又称演化树或进化树,是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系 ... 也可用命令行形式: clustalo -i input.fa -o input.align.fa; MEGA ... ... <看更多>
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系统发生树又称演化树或进化树,是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系 ... 也可用命令行形式: clustalo -i input.fa -o input.align.fa; MEGA ... ... <看更多>
#1. 【轉】MEGA構建系統進化樹的步驟(以MEGA7為例) - 程式人生
本文是看中國慕課山東大學生物資訊學課程總結出來的分子進化的研究物件是核酸和蛋白質序列。研究某個基因的進化,是用它的DNA序列,還是翻譯後的 ...
MEGA 是一個關於序列分析以及比較統計的工具包,其中包括有距離建樹法和MP 建樹法;可自動或手動進行序列比對,推斷進化樹,估算分子進化率,進行進化 ...
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis )是一个功能非常强大的分子进化遗传分析软件,可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、 ...
#4. MEGA軟體繪製系統發育樹詳解| 分析技能 - 人人焦點
2021年2月25日 — 在樹中,每個節點代表其各分支的最近的共同祖先,而各個節點間的線段長度對應演化距離。 系統進化樹常用工具主要有以下幾類:1. MEGA:Masatoshi Nei ...
長期的物種發展過程中,會由於基因和環境的影響導致自身發生進化或者退化,當然不管進化還是退化,都算作物種的演化,但是我們在平時說的時候喜歡說“進化 ...
#6. MEGA构建进化树 - 简书
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遗传分析... Han_zh阅读14,060评论2赞38. 基因家族分析(1) ...
#7. MEGA构建系统进化树的步骤
MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件,使用方便,完全免费,可从其网站下载, 最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程(具体细节请 ...
MEGA 软件作为一种用于分析物种鉴定、亲缘关系、分子功能等的工具,已经越来越成为生物学研究的常用软件。考虑到MEGA的面向人群大多是本科毕设的学生以及少部分研究生, ...
系統發生樹(英語:phylogenetic tree)又稱為種系發生樹、親緣關係樹,或演化樹(英語:evolutionary tree),是一種呈現不同物種或是同物種不同族群的個體之間親緣 ...
#10. 進化樹構建的基本過程(下) - 壹讀
昨天我們講解了進化樹構建的數據下載以及利用mega進行數據的比對:進化樹構建的基本過程(上)。今天我們就來講解一下如何利用利用mega構建簡單的進化 ...
#11. 【轉】MEGA構建系統進化樹的步驟(以MEGA7為例) | 親緣關係樹軟體
本站住宿推薦20%OFF 住宿折扣 · GMBD Bioinformatics Core 分析工具深度報導| 親緣關係樹軟體 · MEGA軟體繪製系統發育樹詳解| 親緣關係樹軟體 · phylogenic tree 演化樹圖製作 ...
#12. mega构建进化树如何选择模型- 组学大讲堂问答社区
由于DNA 序列的进化、演化比较复杂,因此许多学者提出了不同的核苷酸替代模型。当今常用的核苷酸替代模型有JC69 、K80 、F81、TN93,HKY和GTR 模型等 ...
#13. 系统进化树软件—MEGA介绍-微信文章 - 仪器谱
系统进化树(Phylogenetic tree)又称为演化树,是表明被认为具有共同祖先的各种物种间演化关系的树。是一种亲缘关系分支类方法。在树中,每个节点 ...
#14. 運用螞蟻族群最佳化建構演化樹__臺灣博碩士論文知識加值系統
接著依照物種的最佳順序,改良NJ和UPGMA建構演化樹的方法,設計一個新的演算法來 ... 最後我們將我們所設計的演算法實作成程式,與PHYLIP和MEGA兩個演化樹建構軟體作 ...
#15. MEGA Software
MEGA is an integrated tool for conducting automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, ...
#16. 選擇最佳演化樹策略及演化樹合併演算法之研究 - 中華大學
化樹。觀察演化樹中物種的相對地位以及位. 置,可以充分的了解它們的演化過程及親疏 ... 常用的10 組演化樹建構工具如下: 1. MEGA. 6. START2. 2. Spectrum 7.
#17. 如何使用MEGA软件构建系统发育树_速成实用经验 - CSDN博客
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)是一款集序列比对、序列分析与系统进化树构建于一体的开源软件。MEGA软件具有分析效率高、操作 ...
#18. 转载]手把手教学系统进化树构建-蒋金和的博文 - 科学
系统进化树(phylogenetic tree)具有共同祖先的各物种/类群相互间演化关系的树,又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、系统树等。
#19. 人生处处有选择,进化树分析的软件,你选哪一个? - 凌恩生物
... 又名分子进化树,被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树,它用来表示系统发生 ... MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)是文献中经常用到的软件; ...
#20. 生物資訊及系統生物研究所
蛋白的outlier 位置點,加以排序之後建立該點的演化樹,由其分類上的不一致對 ... 距離,CLUSTALW 和MEGA 進行alignment 與演化樹的建立,詳細的流程圖為.
#21. mega 6 构建系统发育树 - 百度文库
(用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的,才能真实反映进化过程。) 系统发生树 系统发生树(英文:Phylogenetic tree)又称为演化树(evolutionary tree)。以树的 ...
#22. 進化樹(phylogenetic trees)裡面每一個分支的長度代表什麼?
如果說橫向是代表演化時間,我看描述分化. ... 軸上靠左還是靠右完全說明不了問題,你隨便用Mega調整一下就可以得到一個完全水平上對齊的進化樹了。
#23. 系统进化树的构建方法与软件应用
系统进化树又称为演化树,是表明被认为具有共同祖先的各物. 种间演化关系的树. ... MEGA. 美国宾夕法尼亚州立大学MasatoshiNei. 开发的分子进化遗传学软件,图形化,.
#24. GMBD Bioinformatics Core 分析工具深度報導
圖像化親緣演化分析工具. ... 最後的樹形繪製工作,有時已包含在親緣關係分析程式的最後輸出結果之內,如MEGA;也有些軟體專為樹形繪製設計,可讀取親緣關係分析的輸出 ...
#25. 系统进化树的构建步骤和软件安利_实验方法 - 丁香通
... tree)又名分子进化树,被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树, ... MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)是文献中经常用到的 ...
#26. 計畫名稱:日本與台灣病媒蚊及病媒蚊傳播之病原基因關係
圖九、尖音家蚊群18S ribosomal 基因片段序列演化樹狀圖……………(46) ... 蟲序列,而後進行多重序列排序,並以此排序結果用MEGA軟體5.2版本.
#27. 056-一起来爬聚类树2 - Yunze Liu
刘小泽写于18.11.22 今天看看主流软件MEGA的使用,我也是第一次. ... 的演化,但是我们在平时说的时候喜欢说“进化树”、“系统发育树”而不是“演化树”。
#28. 生物巨分子序列親緣性分析系統 - NHRI Communications
生物巨分子的親緣性分析是一個經常使用的演化分類方法,此方法的主要優點是藉由 ... package、 WebPHYLIP、Mega等網路生物資源服務站或單機版軟體。
#29. 常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰
framework, as well as software packages (PHYLIP, MEGA, MrBayes) based on them. ... 系统发育就是指生物谱系的分支演化历史,或. 是指生命自起源后的整个遗传进化 ...
#30. 如何利用mega建树基因 - 搜狗搜索
图解教你怎么用MEGA建进化树 · 1.首先将需要进行建树的序列保存为fasta格式,并将文件扩展名改为.fasta。 .fasta序列格式以“>”开头。“>”后面这一行写名称,回车, ...
#31. MEGA软件下载安装&序列处理&进化树绘制&Newick格式介绍
MEGA 是一款非常好用且功能强大的系统进化分析及分子鉴定软件,是免费分子进化遗传分析软件。MEGA软件官网:https://www.megasoftware.net/一.
#32. 从DNA序列到分化时间——进化树与分子钟 - phylodiversity.net
进化树是表示物种间系统发育关系的树状图,枝长的 ... 可用MEGA软件转换成BioEdit可以编辑的格式,再进 ... 这两个种再分别演化成各自的后代。
#33. 手把手教學系統進化樹構建 - 贊遊戲
系統進化樹(phylogenetic tree). 具有共同祖先的各物種/類群相互間演化關係的樹,又被譯作系統發育樹、系統演化樹、系統發生樹、 ... MEGA,圖形化的軟體,使用方便.
#34. MEGA 11构建系统发育树操作 - 墨客
mega 软件系统发育树构建方法序列文本构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt ... 系统发育树又称演化树或者进化树,是一种呈现不同物种或者是同物种不同族群的个体 ...
#35. 分子進化遺傳學分析 - Wikiwand
分子進化遺傳學分析(英語:Molecular Evolutionary Genetics Analysis,縮寫MEGA)是一個生物信息學軟件[1],可通過分子演化統計學分析建立系統發生樹, ...
#36. (完整)如何使用mega_mega如何删除进化树的分支 - 乐活网
如下图所示:有错误的地方可手工删除: (完整)如何使用mega 可删除9、数据输入之后的 ... 系统进化树系统发生树(英文:Phylogenetictree)又称为演化树(evolutionarytree), ...
#37. 第七章分子进化与系统发育分析 - 生物信息学
构建系统发育树,进而了解物种之间的生物系统. 发生的关系—— tree of life ... 祖先序列未知:不知道当前的序列从何演化而来 ... (1)打开MEGA软件,界面如下.
#38. 进化树分析的原理和目的
mega 进化树结果分析; mega怎么构建进化树; 构建系统进化树的一般步骤 ... 系统进化树又称为演化树,是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树.
#39. 演化樹距離矩陣跟著Nature - Tuguht
簡陋筆記專區: 製作演化樹的簡單做法 ... MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析NJ法構建的樹相對準確,假設少,計算速度快,只得一顆樹。適 ...
#40. 「演化樹軟體」懶人包資訊整理(1) - 蘋果健康咬一口
再利用現有之 ... ,圖像化親緣演化分析工具. ... 時已包含在親緣關係分析程式的最後輸出結果之內,如MEGA;也有些軟體專為樹形繪製設計,可讀取親緣關係分析的輸出檔案( ...
#41. 恆春黑羊粒線體D-loop分析 - 行政院農業委員會畜產試驗所
使用MEGA 5軟體,演化樹分析使用鄰接法(neighbor-joining methods)統計方法. 試驗採集恆春分所之恆春黑羊、黑色波爾、台灣黑山羊恆春品系.
#42. MEGA软件_mega7构建系统发育树- 果奶网
... 动物演化系统发育树; 构建系统发育树的软件; mega进化树图解释; mega怎么建系统树; 多个序列构建系统发育树; 如何用mega5构建进化树 ...
#43. 构建进化树常用方法:生物进化距离(NJ)、统计特征(ML)和离...
写在前面很多人都知道“建树”,NJ树,最大似然树- ML,贝叶斯法建树~ 建树的目的常常有两个:分类推断演化顺序其他- 如分析基因家族扩张收缩等很多人都会用mega 来建树, ...
#44. mega软件——系统发育树构建方法mega6构建系统发育树- 电脑
mega 软件——系统发育树构建方法mega6构建系统发育树 ... 序列(DNA,蛋白质等)的变异程度,构建生物的系统发育树,并分析生物物种之间的演化关系。
#45. 系统发育树
MEGA 软件——系统发育树构建方法(图文讲解) | Public Library of … ... 在树中,每个节点代表其各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离(如估计的演化 ...
#46. DISNEY MEGA (EASY PIANO) | 誠品線上
DISNEY MEGA (EASY PIANO):,:誠品以「人文、藝術、創意、生活」為核心價值,由推廣閱讀出發,並透過線上網路,傳遞博雅的溫度,打造全新的文化場域。
#47. 以概念演化樹探討跨年級學生理想氣體心智模式之發展歷程
研究結果顯示概念演化樹43中有兩個發展階段包含粒子本身的特性及粒子間的交互作用,所呈現的概念演化歷程符合相關氣體粒子文獻的發展研究,且對實徵的跨 ...
#48. 台灣高山筷子芥屬植物熱休克基因遺傳 ... - 國立成功大學機構典藏
因家族不同類型的成員間,其遺傳變異程度與分佈模式、受到何種演化力量的影響與 ... 在親綠演化樹狀圖(圖一)中,可以看到阿拉伯芥分支形成單系群,且不同ecotype.
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由親緣關係樹狀圖可以發現蟳屬和梭子蟹屬關係較為接近與青蟹屬. 關係較遠。 ... 析,進而建立整個演化樹形圖,從而了解物種間 ... 接著,使用MEGA 3.1 ...
#50. 一文讀懂進化樹_中國生物技術網- 微文庫
系統發育樹(Phylogenetic tree)又稱為系統進化樹,是用一種類似樹狀分支的圖形來概括各物種之 ... 常用的軟體包括MEGA, cluster X,Muscle,phylip等。
#51. MEGA提供()构建演化树方法。 - 优学优考网
MEGA 提供()构建演化树方法。 · 络合滴定法用EDTA测定Pb2+时,要求pH为5左右,缓冲溶液可以选择()缓冲体系 · 类模板的实例化( ). · 华为DBBP530的供电方式是() · 下列关于 ...
#52. 後冰河時期台灣柯屬植物(殼斗科)的遺傳多樣性
topology,但是不論是PAUP 或MEGA 所重建之演化樹皆不支持台灣柯或柳葉柯的單. 一起源假說(monophyly)。 而利用族群間之變異所推估之族群間分化顯示,在柳葉柯族群間有 ...
#53. 构建系统发生树常用方法 - osm&bio
MEGA (molecular evolutionary genetics analysis)由美国亚利桑那 ... 系统树:利用结点和分支方式来表示特定类群之间演化(谱系)关系的树形图。
#54. Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題- 看板Biotech
... 用的免費軟體MEGA 3.1 只要將要分析的序列先用clustal做好multiple alignment後用MEGA開啟這個aln檔,再轉成mega自己的格式就已經有很多演化樹的 ...
#55. 基于生成模型的系统发生推断 - abc
生成模型描述的是:在特定的演化历史(系统发生树)下,. 产生当前观测序列的概率. • 数学表示: ( | ). • 基于概率模型的建树方法都依赖 ...
#56. mega journal - 國立臺灣大學圖書館參考服務部落格
研究生來電詢問:「想投稿ACS Omega期刊,但網路上查到某些資訊,提醒最好不要投稿Mega journal,很擔心這類期刊和掠奪型期刊是否有關聯,倒底可不 ...
#57. 常用细菌基因组生物信息分析软件 - Microbial Systems Biology
不仅如此,MEGA是一个可以进行序列和演化树分析,以及图形化显示的综合软件。最新版本是MEGA X(2019年)。 2. 基因检测与基因型判定. 在细菌基因组数据中 ...
#58. 进化树- Jing's blog
系统发生树又称演化树或进化树,是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系 ... 也可用命令行形式: clustalo -i input.fa -o input.align.fa; MEGA ...
#59. 演化樹軟體– 生物演化 - Raincolop
... 基酸變異,將MEGA X繪製的演化樹與Ricardo Betancur-R等人於2017年所提出的硬骨魚類系統 ... 中華大學碩士論文演化樹工具之分析與改進Analysis and Improvement on ...
#60. linux下phylip软件构建NJ树,MEGA软件 - 爱代码爱编程
二、序列导入到Mega 5软件(1)打开Mega 5软件,界面如下(2)导入需要构建系统发育 ... 又名分子进化树,被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树,它用来表示系统发生 ...
#61. 进化树构建的目的 - jerrysf
简单易懂-如何利用mega x构建进化树酸奶要去吃火锅3574 播放· 0 弹幕16:50 系统发育 ... 进化水平越相近的物种他们的序列越接近;2如果是由同一个物种演化过来的, ...
#62. 进化树作图专题:盘点绘树的14款本地软件(转载)
MEGA 进化树最新版是款适合生物实验中使用的分子进化遗传分析工具。 ... 又名分子进化树,被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树,它用来表示系统发生研究的结果,是.
#63. 用Mega做進化樹- 博學島
species.fasta 部分序列截圖. 然後,構建進化樹兩步走. (1)序列比對. 常見演算法:Muscle、ClustalW. ①開啟MEGA軟體,這裏以7.0版為例,依次按照箭頭方向進行選擇.
#64. 以核內之內轉錄區間序列探討珊瑚共生藻系群的遺傳變異與演化 ...
網狀圖具有古老單型(haplotype),顯示出在共生藻的分歧演化(divergent ... 的DNA 以MEGA 4.0 套裝軟體,以雙參數模 ... 生藻系群的演化樹,結果顯示共生藻在演化樹.
#65. MEGA软件- 系统发育树怎么做 - 添辉网
目录. 系统发育树评估; 系统发育树意义; 系统发育树怎么分析; 系统发育树结果分析; mega软件构建系统发育树; 系统进化树的构建; 如何画好系统发育树 ...
#66. 類鴉片生長因子受體演化分析
之處。在Mega 的分析中重建了這六種類鴉片生長因. 子受體的演化樹及評估這六種類鴉片生長因子受體之. 間的氨基酸置換速率,而類鴉片生長因子受體演化樹.
#67. 构建系统发育树方法论部分1
以蔷薇科的黑莓,树莓和樱桃为例,对于这三个类群而言我们很容易通过果实将从草莓和其他两 ... 我们用下面的5个性状状来模拟一个植物类群的演化过程!
#68. 厦门大学生物人类学数据分析2019暑期工作坊 - X-MOL
近数十年来,生物人类学为人类的起源和演化历史提供了新的知识,取得了丰硕的 ... 染色体和mtDNA序列分析方法、MEGA/BEAST画进化树及分化年代计算。
#69. 演化樹最大簡約法系統發生樹 - Kalpff
古菌和真核生物。 最大似然法. Hango的生態學術文章中譯網 ,這就是在. MEGA 是一個關於序列分析以及比較統計的工具包,進行進化假設測驗,即使測序質量稍差(read數偏 ...
#70. 进化树作图专题:盘点绘树的14款本地软件| 自由微信| FreeWeChat
加在一起,共计14种软件,按照英文字母顺序排列如下:Archaeopteryx,Dendroscope,DensiTree,FigTree,HyperTree,MEGA,Mesquite,NJplot,PHYLIP, ...
#71. 生物的进化树状图 - hupc
分支图是一个在图论中所指的树状图。 支序分类学(英语:Cladistics)又称亲缘分支分类学,是一种生物分类的哲学,其指只依据演化树. 图解教你怎么用MEGA建进化树纽普生物.
#72. 手把手教学系统进化树构建 - 360Doc
一、系统进化树(phylogenetic tree). 具有共同祖先的各物种/类群相互间演化关系的树,又被译作系统发育树、系统演化树、系统发生树、种系发生树、 ...
#73. 植物生命之树重建的现状、问题和对策建议 - 生物多样性
整合化石和现生植物类群进行系统发育分析, 可以更为全面地理解形态性状的演化式样, 为分化时间估算提供 ... 这为人们构建超大系统发育树(mega-phylogeny)提供了可能。
#74. Mega下載位置win10 - 甘地傳書 - 沉默的病人pdf下载
拥有一亿活跃用户的P2P网络云存储先驱MEGA是一种什么样的. ... 有一个重要概念,分子钟:一个特定的生物大分子(蛋白质或DNA)在所有的演化谱系中具有恒定的演化速率。
#75. 分子进化遗传学分析 - NiNa.Az
分子进化遗传学分析(英語:Molecular Evolutionary Genetics Analysis,缩写MEGA)是一个生物信息学软件,可通过分子演化统计学分析建立系統發生樹, ...
#76. rRNA-ITS 基因序列之分析 - 農業藥物毒物試驗所
徵,已成為多種親緣關係、族群遺傳結構及演化的重要分子標誌(袁等, 2005; ... 利用Mega 4.0 軟體進行26 個銀膠菊樣品遺傳距離分析,結果屏東縣佳冬鄉.
#77. 系统发生树的构建流程
6、请问mega建立ML最大似然法的系统发生树时参数如何设置? ... 系统发生树(英文:Phylogenetictree)又称为演化树(evolutionarytree),是表明被认为具有共同祖先的 ...
#78. 生物技术通报
基因家族的产生包括全基因组水平重复和染色体片段重复等多种机制,是生物演化重要 ... 利用MEGA软件包,可以构建人的珠蛋白基因家族12个成员系统发生树,所用序列为 ...
#79. 進化樹(phylogenetic trees)裡面每一個分支的長度 ... - 頂點問答
如果說橫向是代表演化時間,我看描述分化的時間用的都是 ... 靠右完全說明不了問題,你隨便用Mega調整一下就可以得到一個完全水平上對齊的進化樹了。
#80. 利用trnL intron 序列分析低等金縷梅類植物分子親緣
有核DNA 的二分之一,所以核內DNA 的演化. 速率最快,然後是葉綠體,最慢的是粒線 ... Maximum-Parsimony tree 1 MEGA version ... 能顯示接近或相同於最小演化樹(minimum.
#81. 利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树 - sci666
对于经常构建进化树的朋友来说,MEGA应该是个老朋友了。MEGA从1993年的第一个版本问世一直锤炼到去年刚刚发布的MEGA-X,已经经历了26年, ...
#82. 製作演化樹的簡單做法 - 簡陋筆記專區
物種的演化樹必備的材料當然是有興趣的物種的核酸或蛋白質序列了! 有了序列過後,強大的工具也是必須的。 ... 新的Alignment打開後,左上角的File才會出現“ ...
#83. MEGA | 多序列比对及系统发育树的构建- 腾讯云开发者社区
MEGA 是一个用于多序列比对和可视化、以及构建系统发育树的免费程序。自1993年发布以来,MEGA共更新9个版本(没有第八、九版),今年发布的MEGA 11为处理 ...
#84. 用MEGA如何画进化树? - 搜狐
用MEGA如何画进化树? ... 今天我们来讲讲MEGA的使用,本例使用的MEGA版本是6.0.6,乃们也可以到官网下载最新版来用。 ... 可以通过Data导入数据也可以通过 ...
#85. 【转】MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)
本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化,是用它的DNA序列,还是翻译后的蛋白质序列呢?
#86. MEGA(分子进化遗传分析软件) v7.0.26官方版
MEGA 7是来自国外的一款操作便捷,功能强大的分子进化遗传分析软件,全称:Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款专业的进化树软件, ...
#87. 漂流途中: 司馬家的流浪生涯 - Google 圖書結果
1996年,印尼政府斥資啟動「超級種稻專案」(Mega Rice Project),接下來3年共挖掘 ... 和泥炭沼澤森林一起演化數百萬年的特種生物,如紅毛猩猩、蘇門答臘虎、或長鼻猴.
mega演化樹 在 Re: [問題] 有關phylogenetic tree的問題- 看板Biotech 的推薦與評價
※ 引述《hikarujun (Hikaru)》之銘言:
: 你好呀 謝謝你的回答^^
: 所以同種顏色是同樣"物種分類"嗎
: 可是不知道同樣分類指的是再哪一個層次相同呢? (ex:界門綱目科屬種..)
沒有一定在那個層次
比如說,在你這次的計算結果中,藍色可能在門的層次
而綠色可能在目的層次……
我之前在推文裡說的「階層不平行」就是這個意思
這個功能似乎受限於GenBank 序列的內的分類階層順序,還蠻無言的
不過其實也蠻好用的,很直覺,只是不合學理罷了
: 似乎不是"同種" 因為我自己做query的結果
: 有不同物種 但顏色仍是相同 不過隸屬於同一目
: 另外想請問 你有提到相似程度可由branch length 來看
: 但在tree上的距離多近代表他們具有一定相似程度
就一般的演化樹來說,你可以看它的scale bar的單位是什麼
就像比例尺一樣,你可以回推你要看的節點間的branch length
然後大概知道這兩個序列間的差異多大
至於多相似才叫做有一定的相似程度
這就要看你的目的是什麼了
對我來說,演化樹提供了一個概觀
若想知道兩條序列間有多相似,我還是會回頭去看alignment
另外,你在做blast的時候,blast的結果不是會告訴你,
你的query和subject間有多相似嗎?
只要留心alignment的長度和位置,這也是一個相當有用的信息
: 或者是說 有沒有一個依據 讓我們知道在tree上怎麼樣的距離
: 代表序列上怎麼樣的相似程度呢
就是scale bar囉,注意其genetic distance的定義即可
你可以去下載一個很好用的免費軟體 MEGA 3.1
只要將要分析的序列先用clustal做好multiple alignment後
用MEGA開啟這個aln檔,再轉成mega自己的格式
就已經有很多演化樹的演算法可以玩了
: 謝謝你
不用客氣
: ※ 引述《mengyichen (死小胖)》之銘言:
: : 我點了Tree view網頁上方Sequence Label旁的問號來看(不用真的點,游標放在上面即可)
: : 有一句話這麼說
: : The color of the leaf node indicates the Blast Name of the sequence.
: : 於是我就在下方選單選了「Sequence ID (Blast Name)」
: : 我用的query sequence是2894208(GI number)
: : 是Mycobacterium tuberculosis這種細菌中預測的蛋白質
: : 我發現藍色的節點都一樣是細菌的蛋白質
: : 而綠色的節點則是病毒的蛋白質
: : 所以我猜應該是用來標示序列來源的「物種」分類
: : 不是,相似程度可由branch length 來看
: : 不用客氣,這個功能若不是因為你的問題,否則我也不會注意到
: : 其實每隔一陣子,NCBI都會將它的網頁功能推陳出新
: : 像這個功能我就覺得真的蠻好用的,如果不是要做嚴格的親緣分析的話
: : 可以省掉整理dataset的麻煩
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