在遊戲開始時，史克爾和賽法在軍事院校巴拉姆學院外的訓練課上決鬥，決鬥中二人都給對方留下了傷疤。就在同時，加爾巴迪亞入侵多蘭公國，多蘭只得僱傭巴拉姆學院派精英傭兵部隊「SeeD」援助。SeeD將此任務當作學員的最終考試；在教官奎特斯特的協助下，史克爾完成了獲取最終考試資格的任務。史克爾、賽法與賽爾分為一組，在任務中賽法違反命令並拋開了他的團隊，負責傳令的瑟爾菲不得不在任務期間陪同史克爾與賽爾。任務結束後，SeeD阻止了加爾巴迪亞的先遣部隊；史克爾、賽爾和瑟爾菲畢業成為SeeD，而賽法因違反紀律未能畢業。在畢業舞會中，史克爾遇到了和他個性看起來相反莉諾雅。在賽爾和史克爾接受命令，協助莉諾雅在被加爾巴迪亞占領的汀泊的反抗組織後，史克爾得知加爾巴迪亞最近戰爭是因為背後一名叫伊迪亞的魔女。在巴拉姆和加爾巴迪亞學院的聯合命令下，史克爾和他的夥伴——包括新加入的莉諾雅、奎特斯特和亞威恩——試圖暗殺伊迪亞。然而魔女挫敗了這個計劃，隊伍被關入監獄。在計劃中，史克爾一行知道賽法離開學院成為伊迪亞的副手。
在團隊逃脫後，伊迪亞發射飛彈轟擊了特拉比亞學院。因擔心伊迪亞計劃的下一個目標是巴拉姆學院，團隊兵分兩路。史克爾一隊返回巴拉姆發出通知警告，但他們要先阻止SeeD投資人諾古煽動的學院內鬥。瑟爾菲一隊前往飛彈基地阻止發射然而沒有成功。史克爾不小心觸發了巴拉姆學院的「移動堡壘」形態，讓學院躲避了飛彈；然而因為不會控制學院，它撞上了漁人之地平線的碼頭。在當地技師修復學院時，加爾巴迪亞軍隊開始尋找一名叫艾隆妮的女孩，而她知道最近都在巴拉姆學院。艾隆妮最終逃到世界超級科技大國艾斯塔。史克爾在見到艾隆妮時，知道了曾將他和夥伴「傳送」到17年前的過去正是她，她徒勞的想要改變現狀。遊戲透過考爾一行的「夢境」，分多次倒敘了拉格納和他兩個夥伴奇洛斯與沃德的故事——拉格納從加爾巴迪亞士兵到一個鄉村的保護者，再從魔女阿黛爾抵抗運動領導者到艾斯塔總統。
史克爾因當前事態產生了個人焦慮，如他被希德學院長任命為SeeD新長官，以及他對莉諾雅的感情逐漸增長。在調查毀壞的特拉比亞學院時，史克爾與夥伴得知，他們（除莉諾雅）、賽法和艾隆妮都是一起在伊迪亞的孤兒院長大的；他們在分開後，因為守護之力的使用而逐漸失去記憶。他們還得知，學院和SeeD正是希德和伊迪亞為打敗墮落的魔女而建。在獲悉這些之後，由史克爾和賽法分別領導的巴拉姆學院和加爾巴迪亞學院在孤兒院上空展開了大戰。在巴拉姆擊敗加爾巴迪亞後，玩家得知伊迪亞只不過是阿爾緹米西亞——來自未來，希望將時間壓縮為單一時刻的強大魔女——不得已而使用的工具；她正是為壓縮時間尋找艾隆妮。伊迪亞在和SeeD的決定性戰役中敗陣，阿爾緹米西亞只得將她的力量轉移到莉諾雅身上；伊迪亞恢復了正常，但莉諾雅卻陷入昏迷。史克爾為了讓他甦醒，背著她前往艾斯塔尋找艾隆妮，他確信她能幫助莉諾雅恢復。
在莉諾雅被送往艾斯塔太空站後，阿爾緹米西亞操控她將魔女阿黛爾從軌道監獄中解放。阿爾緹米西亞之後命令賽法啟動月之潘朵拉設備，如雨般的怪物夾帶著阿黛爾的封印設備從月球落向星球。阿爾緹米西亞選擇阿黛爾成為她的下一個宿主，並在外太空放棄了莉諾雅。史克爾將她救出，並搭乘遺棄的星際飛船回到了星球。在著陸後，艾斯塔代表因恐懼莉諾雅的魔女能力而將其隔離，接著史克爾救出了她。總統拉格納對此事表示歉意，並說明了Odine博士的計劃——先讓阿爾緹米西亞占據莉諾雅，艾隆妮將莉諾雅（也就包括把阿爾緹米西亞）送到過去後再送回現在，讓阿爾緹米西亞成功發動時間壓縮，史克爾一行再籍此到達阿爾緹米西亞的時代。史克爾一行為此進入了月之潘朵拉，擊敗了賽法和阿黛爾，莉諾雅由此繼承了阿黛爾的魔女之力。緊接著時間壓縮發動；史克爾與夥伴穿越到了阿爾緹米西亞的時代並將其擊敗。
在擊敗阿爾緹米西亞後，世界開始回歸正常；但史克爾卻幾乎時間之流在中迷失。他見證了遊戲故事的開端——當垂死的阿爾緹米西亞回到過去，將她的力量傳送給伊迪亞時，史克爾也告知了伊迪亞她將創建的學院與SeeD的概念。之後在莉諾雅的幫助下，史克爾正確回想起了他的記憶並回到現在。結局動畫描繪了史克爾回到現在後的事件。已不屬於學院的賽法和他夥伴風神與雷神重聚；拉格納拜訪了鈴的墓（並回憶了他向她的求婚），同去的還有艾隆妮、沃德和奇洛斯；學院舉辦了慶祝會，史克爾和莉諾雅在月光下接吻。
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