【 #1億人確診1週年回顧:越洋專訪旅美台灣AI科學家】 #科技防疫
去年的3/9 深夜11點多,一個匯聚台美智慧醫療專家的LINE群組,有人上傳了一張圖像 —— 點點綠紅色星火從右下角核心向四周迸裂,拉出一道道白光,美得像跨年煙火,又像滿天星斗移動軌跡。
「這是3/5 為止,全球約250株已經定序病毒的基因演化樹,」說話的是圖策智能(Graphen)執行長 #林清詠。
「誰傳誰、經過哪些變異,很清楚,」林清詠說,如此一來,就不一定要從接觸史與旅遊史推測感染源;即便是找不出源頭的社區感染,也能看出感染途徑。
這張圖一發表,隨即引起福斯、NBC、ABC、彭博等美國主流電視媒體關注;隔天、紐約時間早上九點半,林清詠在第五大道的辦公室,接受「未來城市@天下」越洋專訪。
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在人工智慧界,沒有人不知道林清詠——他在IBM任職近17年,曾是首席科學家暨超級電腦部門華生(Watson)網路與人工智能創辦人,也是哥倫比亞大學兼任教授,還曾登上美國《商業周刊》(BusinessWeek)封面。
攤開這張美麗卻又錯綜複雜的圖,可看出兩株感染力超強的病毒組— 林清詠卻提醒,歐美疫情接連爆炸開展,歐美病毒恐怕愈傳愈有攻擊力?
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#未來城市 #智慧城市 #智慧生活
#AI #Graphen #人工智慧 #基因 #歐洲 #美國 #華生 #超級電腦 #智慧醫療
同時也有3部Youtube影片,追蹤數超過24萬的網紅Gavinchiu趙氏讀書生活,也在其Youtube影片中提到,趙氏曾任教於美國Bryant University 、北京理工大學珠海學院、深圳大學、香港樹仁大學、臺灣中央研究院近史所等多間學府,歷任助理教授、副教授、研究員、客座教授、高級訪問學者; 2018年獲中國經濟思想史優秀(一等)著作獎,研究題目包括經濟思想、經濟史、政治經濟學,出版著作二十一部,論文...
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#未來城市 #智慧城市 #智慧生活
#AI #Graphen #人工智慧 #基因 #歐洲 #美國 #華生 #超級電腦 #智慧醫療
基因演化樹 在 陳宜民教授 Facebook 的精選貼文
不懂傳染病流行學
不懂基因演化樹分析的應用
現在又不懂尊重地方官員防疫的自主性
唉!
基因演化樹 在 Gavinchiu趙氏讀書生活 Youtube 的精選貼文
趙氏曾任教於美國Bryant University 、北京理工大學珠海學院、深圳大學、香港樹仁大學、臺灣中央研究院近史所等多間學府,歷任助理教授、副教授、研究員、客座教授、高級訪問學者;
2018年獲中國經濟思想史優秀(一等)著作獎,研究題目包括經濟思想、經濟史、政治經濟學,出版著作二十一部,論文三十餘篇。英國權威出版社 Routledge給予 "中國和西方頂尖學者(leading Chinese and Western scholar)" 的評價。
《趙氏讀書生活》,一個歷史學者的視頻,分享學術、社會、政治經濟觀察
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#金髮美女
#自私的基因
#演化學
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基因演化樹 在 李基銘漢聲廣播電台-節目主持人-影音頻道 Youtube 的最佳貼文
本集主題: #銀翼飛行金屬雕塑展 #楊鎮遠專訪
若是陸世界已汙染使萬物無法存活,人類該往何處去?
也許是天際,或許是深海。藝術家楊鎮遠發想近未來,人類將以科技主導演化,使人有了翅膀得以飛行、拓展生存場域,本次展出作品將以不銹鋼與金屬材質,演繹百年後科幻異世界。
出生於台中市,排行老二的楊鎮遠,父親是一位機械技工;而母親是位樸實的家庭主婦,影響了他為人處世的態度以及美術的薰陶。童年沒什麼機會購買玩具的楊鎮遠,從國中開始自己動手製作手工玩具:以文具店常見的鐵絲為材、偷偷使用父親的機械工具,將鐵絲凹折成各種人型與動作,加上路邊撿到的免費現成品 - 充滿台味的皮帶鐵鍊、金屬十字架和骷髏頭,將之合成於自己的作品中,開啟了對於金屬加工的喜好與基礎。
到了大學就讀台藝大雕塑系的鎮遠,發展出鐵絲人偶的進階版,他將金屬雷切為人型,加上精細的配件:刀、弓、矛,把象棋和棋盤立體化,可謂東方版的西洋棋,尺寸有整個桌面的棋盤十分壯觀生動,彷彿人型將會於夜間開始活動。
藝術家楊鎮遠覺得自己個性執著、在創作與待人處事上十分有耐性。雕塑系分組時,從小與金屬便有淵源的鎮遠,想當然爾選擇了金屬造形為他的分組第一志願。進入金屬造形組後,對於創作很有自己的想法與期許,學校的金屬組的教學導向於意象與抽象性的、並且需配合上完整全面性的理論,在他表達出自己所想要創作的方向時,指導教授適時給予意見了,並且尊重於他的理念與思想,因此大學四年慢慢造就了這次展出的系列作品。
雖沒有各式商業玩具充斥童年,但電視卡通倒是沒有少看,可說是各類型皆有涉略,例如日本的海賊王,美國迪士尼的《亞特蘭提斯-失落的帝國》長篇動畫等更是能啟發他的想像力。說到DC美漫與日漫就侃侃而談的楊鎮遠,與筆者討論起2016年3月在台上映的電影《蝙蝠俠對超人:正義曙光》(英語:Batman v Superman: Dawn of Justice),分析起蝙蝠俠與超人的故事背景,以及雙方對立的原因。而另外一個影響楊鎮遠創作頗深的為日本動畫公司GAINAX出品的《新世紀福音戰士》;《新世紀福音戰士》想必為許多人的共同回憶,此部動畫描述在洪荒時代之後,因物理化學反應,地球上開始生長生命之樹,人類因『心的屏障』而產生隔閡,生命間冷漠而悲哀,孤寂充滿心靈,使得人類尋找新的生存之道。原創的歷史與神話發展出福音戰士的新世界。其中動畫劇情結合了許多元素:宗教(ex.諾亞方舟、基督教的使徒)以及機械、生物科技等,加以縝密的細節設定與充滿科幻的劇情發展,引發楊鎮遠對於人類的未來的想像,創造出飛行系列。
根據考古學家提出的研究,人類與其他動物的分化始於500至700萬年前,古代人的遺骸指出人類某些生活特徵是近期快速演化而來,例如人類的狩獵與採集生活大約於1萬1千多年前,轉變為農耕與生火熟食;同時生理構造也跟著改變。隨著生活型態與飲食,漸漸演化出現代人的外貌與身體構構造,例如隨著人類開始農耕,其後裔較容易產生較多的酵素利於分解食物中的澱粉。
西元1837年生物學家,查爾斯•達爾文(Charles Darwin)參與小獵犬號的五年航行後,回到英國倫敦便有了生物並非不變的想法,之後所提出的演化論思想更影響了人類對於自身物種的探索,更成為近代生物學的主流學說。
如果要想像,何不自己創造一個屬於自己的未來與世界?此次個展的主打系列作品-飛行系列,就是楊鎮遠對於未來世界的異想。
18世紀,人類第一次工業革命,蒸汽機被發明且應用於各式機械上:紡織機、蒸氣機車(蒸氣火車),使技術發展史上的一次巨大變革,開創了以機器代替手工與人力勞動的時代,更造成社會的變革。19世紀中後期~20世紀初,有了第二次工業革命,蒸汽船、萊特兄弟發明飛機、愛迪生發明燈泡與留聲機等…都在此時期出現,便利了人類生活,同時開始高速生產、進入電力時代,強調速度與效率的時代來臨了!
當人們習慣了這些便利與高效,心態也隨之改變。楊鎮遠認為當未來人們的物質生活已進步至一個極致時,即便人類仍不斷地在演化中,或許人將不再滿足於當前的演化速度,開始藉由人工科技來增加或強化生物體的能力。把自身改造成賽博格,加快演化速度。(註:來自英文Cyborg,即為生化人或是機械化有機體)因此基因不再是人類演化的唯一條件。同時在未來世界,人類賴以為生的陸地有可能因為汙染嚴重而不再適合生物居住,比起飛到外太空,也許離開陸地往天空或是往海底發展是更有可能發生的事情。要如何在高空生存?在楊鎮遠腦中的演化日誌:人類將保有原本的形體,卻有著巨大的金屬翅翼,穿過平流層在空中飛行與自由行動,彌補人類發明的空中載具所缺乏的機動性。
此次展出作品以不鏽鋼為主材,輔以其它金屬作銜接或點綴。楊鎮遠之所以會選擇不鏽鋼,是因為其明亮光潔的表面材質帶有未來科技感,本身強烈的反光明暗對比、銳利的線條,也讓人類對未來的人類多了一層期許與想像。鎮遠的作品在造型上線條簡約,充份彰顯出堅韌材質的美感,他相信只要材質、造型配合能相得益彰,並且不間斷學習、進修,增加自身技能,終有一日將可應用於創作上。(文:金車文藝中心)
楊鎮遠簡歷:
2008 霧峰國中 美術班 畢業
2011 豐原高中 美術班 畢業
2011 就讀 國立台灣藝術大學 雕塑學系
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基因演化樹 在 memehongkong Youtube 的最佳解答
講下John Nash 納殊平衡的問題,徐教授提我合作性博弈得致平衡不是納殊講的,而是由其他的人發展出來的。他未有這樣講的。他是對的。不過我也看過有些文章是這樣寫的。
第二,現實上事情是經過連橫博弈才會達致最終的效果。即是不停地撞,撞了很多次,直到有次巧合地撞中了。像囚徒困境中,總有一對是大家都不出賣,結果後果是最好。他們可以是因為友情的關係,所以總是不會供對方出來,結果坐監最少。其他人也會學這過程。連續博弈的結果和單一博弈也是不同的。
而所謂的演化,就是一種長期連橫博弈的結果。我再講講演化的問題,有些網友還不太明白。于非那日講,但我沒有時間作詳細解釋。甚麼叫做darwinism。其實演化不是由Darwin最先提出,很多人都有提出過。不過Darwin的evolution是有其獨特的六個特點。有些網友有講拉馬克,早達爾文幾十年,蕭伯特也是信拉馬克主義。演化是如何得出來,就是你用得多那東西便會較發達,而不用的東西便會廢棄,如一隻鹿食樹上的樹葉,不停伸長頸,結果頸便愈伸愈長,,它的後代的頸也長了,之後繼續伸長,結果變成長頸鹿。這一派認為後天的改變是造成先天的遺傳。這個就達爾文反對的。他主張先天遺傳不會因為後天的影響而改變,其實有人做了百幾代的測驗,每一隻老鼠出生便斬牠的尾,因為牠們生長得很快,幾個月便生一代,過一百代,那老鼠還是有尾巴的。後天遭遇是不會改變先天的遺傳的dna,無論如何努力都是如此。有些東西是會改變你身體的DNA而不是遺傳的DNA,飲酒吸煙會你的DNA產生一種突變,於是出現癌,但在兒子未必會出現,他要再吸煙飲酒才會再次陷入同一陷阱中。但這說法,那天我是沒有駁他。現在有些後天的遭遇也會改變遺傳,其中一種輻射。當人受到輻射影響,是會令到後代的DNA也會受到影響,可以生而致癌。但基本上大部分的東西都是不會改遺傳,這是達爾文主義的立足點。他所謂的survival of the fittest 。有個網友講納粹,但其實是錯的。因為fittest不是附壯金髮男人,選一個這樣的人,覺得他是fittest而不給其他人生育,那是不會增加survival rate,因為你不知環境如何變化。舉例,有地中海貧血症的人,平時是「大鑊」,但在某情況下,他可能令人少一些絕症。如果那絕症是流行的話,那他們也算是有其優勢。演化基本是一個盲目的鐘錶像,演變是沒有理由的,錯了一萬次。但剛好有一演變是適用,那麼他的後代便能夠生存到。所以話選強壯金髮藍眼的人,那和survival of the fittest無關,fittest就是能夠生存的,能夠生存是有一萬種理由,如對某種病毒的抵抗,又或者可以飲到污水但不死,又或者在沙漠中可以飲少一點水也能生存,但一個孤立的群眾是較易把一個演變遺傳下來,如果我們有一億人,如果那十個人有一變異,但他的變異也會被遺傳的海洋淹沒,最後失去。因為和一億人混合,結果也會溝淡了。但在一個孤立的地方,像海島中僅存的廿人,他們能夠適應的人的基因便成為主要。
至於質疑那些missing link的講法也很可笑,有很多覺得不存在的東西也陸續找了出來。恐龍和雀鳥的關係,現在也在遼寧出土一些有羽毛的雀鳥,介乎恐龍和雀鳥之間。而品種的改變是可以看到。所有生物如果去了一個島居住也會愈變愈細小,因為那些動物不需要大隻去抵抗其他生物,而島上因為少食物,所以細小的容易生存到,而牠們的後代也較細小,所以無數的生物也如此,一生出來就是較細小。日本人是其一。長毛象也是。最後滅亡的長毛象是四五千年前,牠去了海島會變縮小如牛般。那不是完全品種的改變,但那個形態和外貌的變化很大,像能不能想像到當牠們不能交配和生育,牠們已不是同一品種。敖犬和芝華華差別那麼大,是不能想像牠們是同一種類,但只不過是過了幾千年。又有人的狐狸養了兩代也有很大的變化,銀狐變了其他顏色,像狗一樣。
植物的演化也是的,因為用人工加速了那演化。這已證實了……
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基因演化樹 在 [求救] 有關分子演化分析的樹狀圖- 精華區Biotech 的推薦與評價
先附上這張演化樹!
問題是這樣的,因為自己是食品科學系,
目前在看paper時,發現對於演化樹概念了解不多,
紅色圈圈代表Bootsrap value , 紅色長方框代表演化距離,
實際上 這兩個東西我查了一下資料,還是不太懂,
請問版上有沒有人可以跟我解釋一下~
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當他們關掉MegaUpload的時候, 我保持沉默;我還有FileSonic。
當他們關掉FileSonic的時候, 我保持沉默;我還有FileServe。
當他們關掉FileServe的時候, 我保持沉默;我還有MediaFire。
當他們關掉MediaFire的時候, 我保持沉默;我還有BT。
當他們關掉BT伺服器的時候, 我已一無所有了。
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◆ From: 140.120.104.161
感謝x 大!
※ 編輯: TW185930 來自: 114.46.210.46 (08/05 01:15)
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作者: TW185930 (吱吱) 看板: Biotech
標題: Re: [求救] 有關分子演化分析的樹狀圖
時間: Wed Aug 7 22:32:47 2013
感謝 george104 與我討論,我將他的回答整理如下,方便以後版友可以了解
============================以下是解釋=======================================
Bootstrap value 是一種統計上的數值
代表著若將一堆物種的同源基因片段拿去跑親緣關係樹
你看到親緣樹上有 A B 兩個物種被分在一起
但你怎麼確定這樣的分法是真的??
這時 Bootstrap value 就是告訴你這種分法的可信度是多少
他的方法是 (這段就看你要不要了解)
從一組數條同源序列的資料中 (假設這組序列整理完後長度是 300 bp)
隨機選取當中一排序列 (他是垂直選取喔,那種感覺就像是你拿一根吸管插進一塊蛋糕)
組成一組同樣長度 300 bp 的"假資料", 之後再用這組資料繪製一棵虛擬的親緣樹
再來看這棵虛擬樹上, A B 兩物種是不是也會在一起
重複做個幾百幾千次, 在統計這幾百幾千棵虛擬樹中, A B 兩物種還在一起的樹有幾棵
之後就變成你所看到的 Bootstrap value
再來關於你說的演化距離, 他代表 A B 兩物種關係的程度為何
看法是看親緣樹上的水平距離, 垂直距離是沒有意義的
你所框起來的那個部分, 你可以想像他是一條比例尺
用來表示水平距離的長度大小
============================以下為問答整理============================
另外我還問了 g大 一些問題 ,整理如下:
1. 你看 紅色圈圈 的Bootstrap value是88 (這應該是指百分比),
而下面卻有一個100,為什麼會這樣呢?為何不是 88 及 12呢?
Ans: 因為每個分支的統計結果都是獨立的, 不能加減乘除
畫個示意圖給你看, 假設有 A B C D E 五個物種, 他們的關係為
88 ------A
------l
100 l ------B
---------l
l l
l l 90 ------C
l ------l
l ------D
l
l
----------------------E
由圖我們可以看到 A B 物種的關係很近, bootstrap value = 88
C D 兩物種的關係很近, bootstrap value = 90
那相對 E 物種來說, A B C D 四個物種關係是最近的, value = 100
其實親緣樹的建構是一層一層的, 如果你看樹有點吃力的話
建議當你在看整棵樹的時候, 可以把他想像成 A-B 合體物種與 C-D 合體種
他們的關係是很靠近的, 有 bootstrap value = 100 去支持
這代表, 不管你做多少組"假資料", 所繪製出來的虛擬樹都是呈現相同的結果
然後你在一層一層的解析下去, 你就知道這個親緣樹要告訴你什麼了
2. 我想知道 怎麼判斷 A跟 B 是 在同一分支上呢? 是看序列的相似性還是?
我的意思是指
-----A
---- |
-----B
Ans:
其實是看你所用的同源基因片段序列片段的相似性
相似性越高, 當程式在運算時就越有可能將他們分在一塊
3. 演化距離怎麼看?
Ans:
畫個示意圖給你看, 假設有 A B C D E 五個物種, 他們的關係為
88 ------A
------l
100 l ------B
---------l
l l
l l 90 ------C
l ------l
l ------D
l
l
----------------------E
0.1
假設 演化距離 是 |-----|
==> 假如我想知道 A C 兩物種的關係有多遠
那他的演化距離就是標紅色的線條(就是我所謂的水平距離)加起來的長度
==============================以下是附註==============================
另外,最近狂犬病很夯,而防檢局也使用了分子演化分析來比較不同地區狂犬病毒的
親緣關係,然後剛好看到有一篇文章也在介紹 分子演化樹(又稱系統發育樹)
文章在此 https://0rz.tw/jMBrJ
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當他們關掉FileSonic的時候, 我保持沉默;我還有FileServe。
當他們關掉FileServe的時候, 我保持沉默;我還有MediaFire。
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當他們關掉BT伺服器的時候, 我已一無所有了。
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