『陳時中解釋這麼多 要來唬爛人民 當初華航機師跟諾富特群聚沒外擴到社區,只要用這個就可以打臉啦
https://www.top1health.com/Article/85294
陳時中今日一早到立法院備詢時證實,#蘆洲、#宜蘭確診個案的基因定序,#與華航諾富特染疫機師相同;他並透露蘆洲確診的前獅子會會長,與萬華區個案「有人跟人的接觸」,可能是一連串的傳播鏈。
同一病毒株傳染 可以講幹話說 沒影響到社區
https://news.cts.com.tw/cts/life/202105/202105152042422.html
羅一鈞也說,#目前看起來華航機師、#諾富特旅館與蘆洲、#萬華、#宜蘭遊藝場雖然發生在不同地方,#但都是同一個序列病毒株相互傳播,病毒基因序列看起來有彼此的關聯性,可以看成是英國變異株的整體事件,目前此類族群的病毒基因定序已告一段落,未來若是再出現感染源不明的個案才會再進行病毒基因定序。
當初陳時中為了不想進三級警戒
然後說 蘆洲、萬華、宜蘭遊藝場群聚都跟華航機師、諾富特群聚 #病毒相同序列
所以升三級的機會變小 意思就是找到了相同感染源 想躲過三級警戒的要件 https://www.cw.com.tw/article/5114748
所以陳時中這個人哪跟你講防疫專業 他就是一個政治掛帥的政客
為了不想進三級警戒 就跟你說 蘆洲萬華宜蘭等感染者跟華航與諾富特同一病毒株
所以是同一感染源
.
現在被批評因為對機師防疫政策失當 導致 國內大規模社區感染
又唬爛你 機師跟諾富特群聚感染 沒外散到社區去 沒散到社區不然病毒序列會相同
.
當初一堆人為了護航這咖 不想進三級警戒 還扯說
#病毒其實都會一直突變 #如果序列一樣一定是同一感染源
現在請CDC 應該解釋 華航跟諾富特群聚沒有外散到社區
#那為何那些社區感染的病毒株 #會跟 #華航還有諾富特群聚 #同一基因序列
陳時中的意思 莫非是 其實機師跟諾富特 是台灣本土突變英國株 去傳染給他們的喔』
Re: [爆卦] CDC:3+11 諾富特並沒有擴散到社區 https://disp.cc/b/163-dXam |爆卦原文 https://disp.cc/b/163-dXfw
#武漢肺炎 #新冠肺炎 #COVID19 #COVID2019 #二期警戒
如果序列一樣一定是同一感染源 在 生物 的推薦與評價
若某一DNA 分子的一股為-AGGTCA-,則其另一股的序列為何? ... (A)a、b股上各有一個等位基因(B)a與b互為同源染色體(C)a與b之間有相同的含氮鹼基(D)a上為G者,b上為C ... ... <看更多>
如果序列一樣一定是同一感染源 在 Re: [問卦] 基因定序一樣=同一個來源? - 看板Gossiping 的推薦與評價
大家安安
今天來說說 基因序列 的故事
希望大家能花點時間看完
我會盡量寫得簡單~ 讓大家都看得懂
希望會減少大家一些誤會資訊的機會
※ 引述《A1an (再說)》之銘言:
: ※ 引述《powyo (光子郎)》之銘言:
: : 這個說法是騙文組的吧 就算一樣又怎樣?是同一個人傳播嗎?
: : 所以現在是要收集三種不同病毒株 才能升三級嗎?
: : 阿印度2000多萬例確診 幾乎都是同一種病毒株 所以來源都是同一人?
: : 這邏輯怎麼看都有問題吧
: 短短的發文讓人滿滿的「你到底在問甚麼?」
: 印度2000多萬例幾乎是同一種病毒株是什麼意思?
: 在印度肆虐的B.1.617現在本身都有三個變異株了,[1]
: 印度變異株的特色就是在L452R和E484Q雙重突變,
: 但是其中的B.1.617.2沒有E484Q突變[2],
: 你還以為全印度的印度變異株都長一樣嗎?
我們先來定義一下「XX病毒株」是什麼意思
以南非病毒株為例 主要有3個在Spike(棘蛋白)上
分別是 K417N E484K N501Y
這個的意思是
在第417個位置上 K變成了N
在第484個位置上 E變成了K
在第501個位置上 N變成了Y
人們發現帶有這三個位置變異的病毒株採集到的比例越來越高
因此將有這三個特徵的病毒株取一個名字
因此 這只是其中一個「分支」
但這並不代表 所有叫南非病毒株的病毒
都只有這三個突變
在南非病毒株這個大分支下
還有很多小分支
分別帶有 L18F, D80A, D215G, R246I, A701V
其中我記得我當初分析的時候
D215G 和 R246I 是互斥的
因為是不同的小分支 各自演化出來的變異
這表示 如果今天分別採集到病毒
其中一隻帶有 主要的 K417N, E484K, N501Y
則 我們會將他歸類為 南非病毒株
而如果採集到的兩隻南非病毒株
一隻有 D215G, 另一隻則有 R246I
那麼!!!
因為這兩個突變是互斥的
表示他們分別是來自不同的小分支
因此就知道是不同的感染途徑
如果 都是南非珠 而且也都有 D215G
那麼光看這裡可以猜測來源一樣
而且要注意的是
這邊還只看Spike一個蛋白質而已唷!
這個基因佔全部序列只不過15%左右
全部基因一起看會有更多不同的變異特徵
像是Orf1ab(另一個蛋白質)有 T265I, K1655N, H2799Y ..... 以下省略
何況這裡只列出 比例多的 且 改變功能的
當我們實務上在比較基因時
還會看到每一隻病毒 多多少少都會差一兩個位置
(全長大概30000,只要有一個位置不一樣都可以看得出來)
就跟每個人的長相有差一樣 XDDDD
小結論1: XX病毒株只是某一個分支的代號,並不表示全部完全一樣
小結論2: 病毒或多或少都會差一兩個位置,因此要「完全一樣」不是那麼容易
要是不同的感染源,又要一樣基因,機率更低,低到可以忽略不考慮。
那麼 到底怎麼看傳染順序呢?
因此假設今天有一個病人身上採集到 AATAAAAAAA
被他傳染的採集到 AATAAAAAAA
因為在第三個位置都是T 所以很有可能就是被第一個病人感染的
之後的病毒會繼續繼承第三個位置的T
但自己也會有一些不一樣
像是可能會變成 AATAAACAAA
那麼我們因為先看到了T 就會知道大概是同一條途徑的
所以在與 參考序列(最早期的病毒序列)比較後
我們可以繪製出關係圖如下
(加上序列方便大家比較)
從這裡可以看到 Seq1 與 Seq2完全一樣 (在同一個線上,沒有往外長)
而Seq3則是從Seq1與Seq2演化出來的 (在同一個分支內,但是樹枝往外長)
只要我們有了這個關係圖
再加上 發病日期、採集時間 等等
就可以大致上知道傳染的順序
所以並不是看是不是都是英國株 或者都是南非株
就知道是不是同一個感染源
我們會去詳細看到底改變了那些位置
並結合時間、地理資訊等等 才會做出是不是同一個感染源的結論
: 然後RNA反轉錄病毒是一種鹼基很容易複製錯誤的病毒,
: 鹼基錯誤夠多可能會造成三個鹼基一組的codons突變,
: codons的突變夠多又可能會導致棘蛋白、膜蛋白、封套蛋白的改變,
: 這三種層級的突變是不一樣的,
這裡錯誤量有點大
三個鹼基會編碼成胺基酸
怎麼組成胺基酸的呢? 這個可以查密碼子表
我們舉個例子
鹼基 = 胺基酸
TTT = F
TTC = F
TTA = L
TTG = L
CTT = L
CTC = L
CTA = L
CTG = L
我們可以看到 TTT 跟 TTC 長得不一樣
但是都做出 F (苯丙胺酸)
因此如果一個序列 從TTT變成TTC
在序列上看起來不一樣 可是做成蛋白質後會長一樣
這樣子就不會改變蛋白質功能
因此我們稱為 synonymous (同義突變)
但是當 TTT 變成 TTA
查表可以得知 會從 F 變成 L
這時候會改變蛋白質結構 因此功能上就會有不同
可能是功能不一樣 也可能是功能變強變弱
總之這樣子確實有改變的突變我們稱為 nonsynonymous (異義突變)
所以我們可以知道
這樣子的改變 並不是累積多少突變才會造成的改變
而是改變到「會改變的位置」 就會改變
再來是 不論是棘蛋白(Spike)、膜蛋白(Membrane)、封套蛋白(Envelope)
層級上都一樣
好啦其實我不太懂這個怎麼分層級 XDDDD
突變就是隨機突變的
我們發現集中在某些蛋白上(例如Spike)是因為選擇壓力
但是由於是隨機突變的
所以不管是甚麼蛋白質,只要不太影響生存
就都會看得到突變
但是實務上
關注的層級的確會有差別
我們會特別關注 Spike 是因為這個棘蛋白他是負責跟人類的ACE2(血管收縮素轉化酶2)結合
這個ACE2是細胞膜表面的受體
簡單來說就是病毒進入細胞要透過ACE2
所以人們才會如此關注這個Spike
: 就算是同樣的變異株,
: 鹼基序列可能就不一樣了,
: 只是改變的鹼基沒有改變到例如關鍵的L452R和E484Q這類突變。
通常一個受到關注的變異株
會被冠上一個尊稱(?)
就是因為它改變了關鍵性位置
所以都會帶有這些關鍵性位置啦 而且這是他們的特徵
這個問題不錯 相信也是大家最想知道 也最不懂的 XDD
如同前面說的 其實就是看有沒有變到關鍵點位
我們先來看看 關鍵點位是怎麼找出來的
整條 Spike上面其實還可以再更細分
其中RBD是結合的重要區段
在RBD裡面還有更重要的 叫做RBM
這邊就是真正結合的區域了
綠色的是人類的ACE2,紫色的是SARS2的RBM
我們可以看到幾個關鍵的位置被標記出來
N501, Q493, S494, L455, F486
當然這只是其中一個模擬 (還有很多其他篇有標記更多位置)
所以只要突變是在Spike上 我們都會仔細看一下
如果突變位置坐落於 RBD 上,更要注意
如果 突變的位置 坐落於RBM上? 那真的得很小心很小心了
我們可以知道 RBM的範圍在 438 ~ 506
所以我們來看看 各個主要的病毒株
標顏色的是在RBM範圍內
南非: K417N, E484K. N501Y
英國: N501Y
印度: E484Q, L452R
因此 這些才會有名字 因為是特別被注意的
而只落在這裡面 還不夠當成會不會影響疫苗的依據
科學家還會做實驗 推測這個位置帶來的改變是什麼
還有很多複雜的分析 就不多解釋ㄌ
當然 我們只要知道在RBM裡面就要特別關注就是了
: 武漢肺炎病毒的序列大概每11天就會突變一次,
: 這不是我說是Science說的,[3]
: 如果序列不是真的一樣、是指揮中心唬爛的,
: 那當然是另外一回事,
: 如果序列真的一樣,
: 來自跟華航完全不同的感染源,
: 不知道已經跟華航感染源分道揚鑣多少個11天的病毒株,
: 出來完全一樣的序列乾屋摳寧,理組哥?
: [1] https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.617.html
: [2] https://reurl.cc/nn93nd
: [3] https://science.sciencemag.org/content/371/6528/466
文章有點長
先感謝耐心看完的鄉民唷~
大概是這樣子
謝謝大家
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魚魚文有永遠的家囉~
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有搜尋跟標籤功能很方便滴!
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nonsense mutation是指這個突變變成了「中止密碼子」造成提前結束
你要說的應該是 silent mutation (等於 sysnonymous)
病源A 假設帶有 位置100的突變,
那麼只要是被病源A傳染到的,都會帶有這個位置的突變
因此如果是兩個不同來源
就會看到分別會有兩個位置有不同突變
所以某一些突變位置 是來源A有 但來源B沒有
因此我們可以確定是A或是B
這就是某些點位互斥的概念
另外 改變功能主要是透過實驗
實際看到發生了什麼改變
看到U就想到羅馬尼亞上傳的序列都把T給U
雖然的確是RNA病毒...
還是哪裡看不懂的話
我可以再解釋的!!
我只懂基因方面的問題 :(
但我的理解是
如果來源是相同的 而且這次的序列是完全一樣(完全兩個字很重要)
那麼表示找出傳染途徑的機會很大很大很大
有一段特別重要的位置範圍
只要看到病毒帶有那個位置範圍內的突變
就要特別關注
不會進人體 然後看到症狀的~
不過最主要大家還是看spike啦 畢竟他是最直接的
例如有些變異會增加病毒的複製量
那就是直接測病毒量囉~
但我怕更讓大家看不懂...
而且因為我不太碰實驗這塊
所以其實也怕誤導你
另外還有像是會不會從免疫系統中逃跑呀~ 之類的~
變異速率基本上會假設速度一樣
所以當有選擇壓力出現時 我們有時候會稱為 加速演化
在免疫力低下的病患中 不斷的跟免疫力一起演進
所以跑出南非病毒
但也沒辦法回到過去呀 XDDD
https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1587312506.A.AD7.html
序列1 & 2都是 T病毒
然後序列3 是 基於T病毒演化出來的TC病毒(?
但通常不是很重要的突變不會特別給名字啦 XD
應該是說 3個nucleotides會組成amino acid
不過3個鹼基一組 這個一組我們稱為codon
哪一個看不懂嗎?
但是因為人會跑來跑去呀~
不是有一個從基隆跑到高雄又跑到台南
所以也要看行蹤跟時間
再來就是 如果基因序列「完全」一樣
完全兩個字 真的很重要
這表示兩個病毒之間並沒有足夠時間多出突變
那表示傳染途徑上 很接近很接近很接近
不過我記得好像說是英國株?
序列完全一樣
所以推測是同一條感染鏈~
變因太大了 人心難測:(
關於畫樹方法超級多的
謝謝你~
所以30000要除以3
大概是0.98%
沒人在乎魚魚QQ
希望可以知道病毒的可能來源
對於了解病毒演化是很重要的線索
鹼基改變 蛋白質有可能不變
就是同義替換 跟 異義替換 的問題~
以 E484K來說
就是在484個位置上 E胺基酸 變成了 K胺基酸
E 跟 K 算是縮寫(?)
但是隨著時間長短 會有不一樣的突變率出現(長期、短期會不一樣)
但如果只是用來控制疫情的話
因為時間很短 所以不太會用這個看
所以初期大家都在找0號病人
但隨著疫情發展到現在
可能已經很困難了
壞掉的鐘也會有準的一天(?
能不能舉個例子讓我可以改進的
不過我想不外乎就是 成本 副作用 或者還在研究對人體的影響?
另外能預防當然還是最好囉
我可以補上你想知道的前提知識 與 名詞~
有一些在蛋白質層面看會變一樣
但是如果看鹼基層面會發現變的位置不一樣
要變到同一個位置的機率很低 低到可以忽略
但是目前資料上看起來就是互斥
當然每次比對的時候都會再看一下囉~
... <看更多>