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Tap to unmute. Your browser can't play this video. Learn more. Open App. 實15. 電腦 分子模擬 輔助藥物設計. 261 views · 3 years ago ...more ... ... <看更多>
問「電腦輔助藥物設計」. 高雄醫學大學. 2020年8月12日19:39. 小弟因為學程的關係需要選修這堂課之前有選過同位教授的另一堂課-生物資訊學想請問一下有修過這堂課或是 ... ... <看更多>
電腦輔助藥物設計 在 Re: [問題] 電腦模擬蛋白質製藥的需求? - 看板Bioindustry 的推薦與評價
回想兩三年前，我曾經接到一家台灣公司的電話
他說，聽說你們在進行XX新藥開發的計畫
那我們是一家開發in silico的計算方法的公司
想要賣給你們hit compounds的結構
我就很好奇了
跟他聊了一下發現
原來是某學校的老師，自己發展了docking的演算法
發了幾篇paper，大概hit rate還不錯，就開了家公司
想要來賣可能的hit 結構
我只問他
請問你對於你賣得結構多有信心？
今天你賣我1000個結構說有活性，收費100W，
那請問，我如何知道這1000個結構是不是你亂畫得？
Ans, 很抱歉，基於商業考量，我們無法提供計算過程，但是你買來測就知道。
我又問
那，如果我全部買來測，萬一都沒活性怎麼辦？
或是IC50多少才算有活性？50 uM? 10 uM? 還是100 nM?
Ans, 很抱歉，我們沒辦法回答這問題
心中忍不住OS, What the Fxxx!!!
你們是想賺錢想瘋了嗎？
在新藥開發的這個領域裡面
大約在一二十年前，電腦輔助藥物設計真的是很紅得一個領域
但是這段時間過去了
卻逐漸退燒
不是電腦運算能力越來越強
應該要越來越精準才是阿
很抱歉，我只能說還差得遠
目前藥廠的主要策略，還是以HTS為主
眼見為憑
藥廠裡面的in silico的部門，跟外面有什麼不一樣？
藥廠一般不太用商業套裝軟體（像是DS等）
他們需要的，都是自己開發比較多
如果你只能用商業軟體
你能做的，就是調參數
那你可以做的，人家也可以做
請問你的niche在哪裡？
最近在一些場合
聽到了目前藥廠不一樣的走向
對於計畫的發展
電腦的角色，逐漸從prediction走向diagnosis
以前想知道行不行
現在想知道的是為什麼不行
所以越來越多藥廠投入到data mining的領域
也就是重新回過頭去審視過去的資料
另一方面，以多醣體來說
要發展這類新藥，最大的挑戰在於合成
今天假設您提供了一個多醣化合物
說很有效，而且沒有毒
但是合成需要50步
請問，合成的風險跟成本如何說服金主？
就算合出來了，您能保證一定有活性嗎？
如果沒活性，耗費的時間、人力、金錢，誰該負責？
又，如果真的初步in vitro活性很好
那要準備進入in vivo實驗
請問，要合成克級的化合物，需要多少成本？
那更不用說以後要做毒理所需要公斤級的化合物了
說了一些有的沒的
只是奉勸樓主，要投錢進去前要想清楚
如果您的技術真的很厲害，
藥廠早就抱著大筆現金來找
不需要到網路上問
另外，以實做面來說
您對您的技術，有多少信心？
要說服金主相信你的計算結果而不是實驗結果
這需要很多很大的力氣
以上供參考....
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 211.76.175.170
這也是做計算的，跟實際要合成分子的人之間無解的問題
計算的人總認為自己設計的分子非常有效
但往往做合成的一看結構就知道是天馬行空的想法
我們過去run project的經驗
做計算的人畫出來的分子，可以合理合成的，少之又少
隨便舉個例子，做計算的往往不知道什麼叫做chiral center
光是看到分子內有數個chiral centers
你知道合成的實驗室要花多久才能合成一個電腦畫出來的分子嗎？
更別說，當你的API有chiral center的時候
後續在manufacturing 上有多少工作要做？
GOLD, AutoDock, iGenDock 等都不一樣，能處理的範疇也不一樣
誰說是速度的問題而已？
... <看更多>