無論是淡水魚或海水魚都有可能成為寄生蟲的中間宿主，料理秋刀魚或其他魚類時，若經煮熟即可安心食用。
魚類身上偶而會有線蟲寄生，但煮熟後都是對人體無害，如仍有疑慮，則在殺魚時去除鰓部和消化道，魚頭的部分也務必煮熟，便可有效去除寄生蟲。
依據黃文彬教授的研究報告指出，秋刀魚魚體外部上常被一種小型甲殼類動物寄生，且水溫較高時此現象會較多，但一般在進入船艙冷凍階段時會自行脫落，最後在魚體表皮會形成直徑約4－5mm的圓形或橢圓形洞痕。此種情形，則不是線蟲感染。
另外，秋刀魚的主要食物是一種紅色的橈足類，其為一種小型的甲殼類，有時剖開魚腹看到一堆紅紅的小東西，也可能是該種橈足類，煮熟後仍會呈紅色（線蟲煮熟後會變成白色），其帶有特殊風味，也是秋刀魚肚苦甘苦甘味道的來源。
資料來源農委會水產試驗所:https://goo.gl/QK1nB6
秋刀魚紅色蟲 在 Re: [問題] 秋刀魚肚裡是紅蟲正常嗎?? - 看板cookclub 的推薦與評價
※ 引述《thys (想要學五子棋)》之銘言：
: 問題時 最近買了我最愛的秋刀魚....
: 烤熟後 肚子(還是腸子?) 裡面整個都是紅色魚鱗
: 本來並不以為意 想說因該是魚不知道吃了什麼其他的魚
: 後來再仔細看一看 發現那些紅色的都是細細小小的一條一條蟲
: ......所以說這些秋刀魚都是吃紅蟲長大的?
: 還是說那些是寄生蟲??
: 我最愛吃秋刀魚那苦苦的內臟阿!!! 哭哭
秋刀魚腸道中的紅色物質
全部都是浮游性橈腳類
屬於甲殼類動物 要把牠當小小的蝦子也行啦
活著時是透明白色 被吃掉後因為甲殼素變性變成紅色
所以完全是天然正常現象
在日本肚子裡有橈腳類的秋刀魚價錢比較高
因為那種小甲殼類會帶有蝦蟹的風味可以加分
秋刀魚因為是吃食物鏈較底層的浮游動物
算是比較環保的食材 累積的重金屬也比較少
是可以多加推廣的食用魚
如果是體內寄生性的蟲
常見的是線蟲類
是真的細細長長透明白色(不會變紅)
不過煮熟後都是蛋白質啦(無誤)
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